Sekretariat Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri mempunyai tugas melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas dan pemberian pelayanan dukungan teknis dan administrasi kepada seluruh satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.

Dalam melaksanakan tugas, Sekretariat Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri menyelenggarakan fungsi: 

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
2. Koordinasi, pelaksanaan, dan pelaporan urusan keuangan di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
3. Koordinasi dan pelaksanaan telaahan hukum, penyusunan rancangan peraturan perundang-undangan.
4. Koordinasi dan pelaksanaan kerja sama, dan pelayanan informasi publik di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
5. Koordinasi dan pelaksanaan urusan kepegawaian, organisasi dan tata laksana di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
6. Koordinasi dan pelaksanaan, pemantauan, serta evaluasi kepatuhan internal dan manajemen risiko di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
7. Koordinasi dan pelaksanaan perlengkapan dan rumah tangga serta barang milik negara di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
8. Koordinasi dan pelaksanaan tata usaha, tata persuratan, dan kearsipan di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.